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单细胞测序数据KEGG富集分析执行代码后报错
是猪的数据，是模式动物的数据，我已按照脚本帮助信息进行更改，GO能够正常分析，KEGG报错。Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc --idtype SYMBOL 想请教老师应该怎么操作？
回答于 2024-07-04 14:49
猪单细胞数据差异基因KEGG富集分析
猪的单细胞测序数据，并不是非模式动物的。 -ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc 都修改了，按照要求GO的就能正常分析，KEGG就不能。还想提一个小建议：脚本用起来都很方便，就是有时候有些局限性，希望老师能够更新一下。
回答于 2024-07-04 14:43
单细胞测序数据差异基因KEGG富集分析
老师，我参考了这个课程依然报错，Failed to create bus connection: No such file or directory please set right --idtype you input to analysis, The example ID types below are supported: [1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENTREZID" "ENZYME" "EVIDENCE" [6] "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GO" ...
回答于 2024-07-03 21:44
单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错
好的，谢谢谢谢老师解答。我再试一下。我总觉得0.25已经很小了，文献里面好多都是大于0.25的。
回答于 2024-05-28 11:12
单细胞测序数据分析时，修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型...
老师，还想请教下您，我能否直接用这个代码在rds文件中添加一列其它分析（如分组信息goup, stim1）,如果不可以我应该怎么做？麻烦老师了，谢谢老师
回答于 2024-05-20 22:01
单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行...
老师好！我尝试换方法和降低阈值后依然报相同的错误。但是我用FindMarker只统计两两Cluster之间的Marker基因时候，用的--test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25参数，就可以正常执行，想麻烦老师再看下图片报错内容，提供解决办法，谢谢老师！
回答于 2024-01-28 17:11
单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因
谢谢老师，但是FindAllMarkers这个脚本里添加不了 --group by,添加后报错，想问下老师应该添加到哪里？
回答于 2024-01-27 10:50