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老师好，为什么我用杓兰七个物种的fasta组装起来比对后用DnaSP做...
课上讲的也是这样的图，和文章不一致是因为文章作者对下载的数据进行了人工校正，而NCBI下载到的还是原始数据，所以画出来和文章中不一致，在课程展示操作时画的图也是你这样的。此图仅为展示操作用，重点是掌握Dnasp如何计算多态性以及后续怎么定位高可变区。
回答于 2023-08-11 13:20
叶绿体基因组GetOrganelle组装时出现killed，程序终止。
"Retrying with more reads" 并不是报错信息，而是一个提醒或信息，意思是 GetOrganelle 正在尝试使用更多的 reads 进行重新尝试以优化预组装的结果。INFO开头的不是报错，一般最前边ERROR开头的才是报错信息。后面出现“killed”就终止了，一般是内存不足或存储线程的问题或者你自己杀掉了命令。可以删掉原来的GetOrganelle_...
回答于 2023-08-09 11:15
植物叶绿体组装后，发现结果不成环状，要怎样调整其成环呢
这个都是一些断的scafford，使用的原始数据是完整的吗，大概有多少G呢？目前解决办法如下：1、在跑命令时可以增加轮数（-R选项），可以重新指定更近缘物种的叶绿体完整组装序列作为参考（-s 选项），或者不指定-s选项。各种都尝试跑一下命令。2、如果按法一尝试了各种命令还是不行，那可能是测序数据不够，或者可以拿最长的...
回答于 2023-08-09 10:32
IBD分析问题
能说明一下具体的计算分析思路吗，比如怎么计算及统计的贡献比例等等。 计算IBD时lod值设置的是多少呢，是不是lod值设置的太高导致很多区段被过滤掉了？ 可以做一下群体间序列一致性程度的分析（IS分析），来判断一下子代与父母本的相似性。
回答于 2023-02-16 11:34
运行WGCNA代码时出现下图报错，下载packageGO.db显示版本不对，...
试一下这样安装： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("GO.db") 最后会询问是否更新相关的包，根据情况任选一个即可，我选了n。之后就安装成功了。 Update all/some/none? [a/s/n]: n
回答于 2023-01-09 09:59