2天前 回答问题

这个一般来说不用,你分两次处理那差异更大,后面更没有可比性了,如果是完全不相干的那直接分开做就行

2天前 回答问题

hmmscan多线程效率很低,可以调低一点线程数反而会快一点

2025-02-10 14:40 回答问题

单独的教程没有,但是逻辑不复杂,以kegg为例,主要难点在于碳氮磷硫功能相关通路的不一定找的全,比如碳代谢应该有很多相关的,比如Carbohydrate metabolism应该基本相关的,但是比如Energy metabolism里的Carbon fixation by Calvin cycle和Methane metabolism 应该也是,可能要自己筛选一下,而且需要统一,比如Carbohydrate metabolism是第二层级,有点宽泛,你可能需要把他包含的第三层级的通路名字拿出来筛选, 找完

2025-01-08 09:27 回答问题

我们有提供一个示例文件,你把那个文件拷贝到excel里,然后把分组和样本名修改成自己的,其余的不用变需要修改的只有第一列和第四列,其他的是占位的

2025-01-02 15:47 回答问题

binning以后drep去冗余得到的那一堆bin,fa,就可以理解成一个个的单菌基因集,之后每一个都可以做单菌分析了

2025-01-02 12:08 回答问题

https://gtdb.ecogenomic.org/这个网站下载最新的数据库,软件只需要执行下面的代码, python-mpipinstallgtdbtk--upgrade

2025-01-02 11:53 回答问题

这个配置足够高了,不过速度这个和数据复杂度也有关,复杂度高的可能要一周吧,不如土壤啥的 低的2天就够了

2025-01-02 11:51 回答问题

我们的代码里有借助kraken对contig进行注释的代码,想要用nr库的话,就下一个nr库,然后直接用diamond比对contig文件和nr库就可以

2025-01-02 11:49 回答问题

是的,物种注释一般用reads直接比对的丰度估计精准,contig的物种注释的更精准,两种都有用的,现在后者用的多一点

2024-12-25 11:00 回答问题

mags是基因组,不能直接注释,需要先先预测一下,就用之前的基因预测的软件,换一下输入文件就行,预测出来的基因和蛋白文件都可在官网注释,当然也可以用eggnog,把输入文件换一下就行