xun 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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宏基因组分析，用来分组的metadata格式具体是什么？

我们有提供一个示例文件,你把那个文件拷贝到excel里,然后把分组和样本名修改成自己的,其余的不用变需要修改的只有第一列和第四列,其他的是占位的

回答于 2025-01-08 09:27

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binning以后drep去冗余得到的那一堆bin,fa,就可以理解成一个个的单菌基因集,之后每一个都可以做单菌分析了

回答于 2025-01-02 15:47

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https://gtdb.ecogenomic.org/这个网站下载最新的数据库,软件只需要执行下面的代码, python3 -m pip install gtdbtk --upgrade

回答于 2025-01-02 12:08

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这个配置足够高了,不过速度这个和数据复杂度也有关,复杂度高的可能要一周吧,不如土壤啥的低的2天就够了

回答于 2025-01-02 11:53

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我们的代码里有借助kraken对contig进行注释的代码,想要用nr库的话,就下一个nr库,然后直接用diamond比对contig文件和nr库就可以

回答于 2025-01-02 11:51

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是的,物种注释一般用reads直接比对的丰度估计精准,contig的物种注释的更精准,两种都有用的,现在后者用的多一点

回答于 2025-01-02 11:49

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mags是基因组,不能直接注释,需要先先预测一下,就用之前的基因预测的软件,换一下输入文件就行,预测出来的基因和蛋白文件都可在官网注释,当然也可以用eggnog,把输入文件换一下就行

回答于 2024-12-25 11:00

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是的,可以,蛋白集不大用这个就行

回答于 2024-12-24 11:27

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你都自己回答了,你看看有没有unmap那个目录,如果没有的话说明后面抽出未组装进行混合组装的那一步没做重新做一下就行,之前的去宿主是不是已经解决了

回答于 2024-12-23 09:57

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不需要,到时候直接用salmon比对完以后直接就能获得丰度表如果确定想要知道的话也可以比对(一般来说没必要)

回答于 2024-12-17 17:48