在原核生物中，mRNA只占全部RNA的1-5%，其余绝大部分是核糖体RNA（rRNA），因此若要测序mRNA，首先必须先将mRNA纯化出来，然而，原核生物并不像真核生物mRNA具有polyA的结构，因此，无法直接利用oligoT将mRNA纯化出来，如果拿total RNA进行测序，那么测序的效率一定会非常差，因为大部分的序列都来自rRNA。目前，提高原核生物中mRNA的量，最主要的方式是去除total RNA中rRNA。