处理fasta序列最好用bioperl包，非常好用，下面是代码部分，其实你不用遍历hash，直接边读序列边输出就好了：

也不清楚你要的意图，下面的代码是把fasta序列存储到%keep中，并输出到普通文本；遍历hash可参考：https://www.omicsclass.com/question/99

 use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "cucumberprotein.fasta" ,
                               -format => 'Fasta');

#想输出fasta序列建立$out

$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">out.fa" ,
                               -format => 'Fasta');

#不想输出fasta序列建立OUT，普通文件句柄；

open OUT,">out.txt" or die "$!";

#建立空hash

my%keep=();


while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
            my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
            $keep{$id}=$sequence;
            print OUT "$id\t$sequence\n";            $out->write_seq($seq);


}
        
$in->close();
$out->close();
close(OUT);

perl的课程有可以学习一下：

《perl入门》

《perl高级》