老师，请问一下为什么提取基因在染色体上的位置时，查看gene_chr.txt是空的，位置信息没有被提取出来呢？我看我的gff3文件中，gene后面对应的并不是我提取出来的基因的id，图中画出来的。请问是这个原因吗？要怎么解决？

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-03-12 17:14

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

请将运行的脚本，还有所有的输入文件都截图，图文并茂的详细描述问题。不然我这里根据你现有提供的信息无法找到原因；

这个问题和你的挺相似的或许可以帮助你：https://www.omicsclass.com/question/994

薄荷情话 2019-03-13 23:47

老师，这是运行的脚本，有人说是脚本错了，说是脚本中gene是chr开头，而我的gene_id文件是OTG开头，所以提取不出位置信息，但是，我不会改这里的脚本