5 用Conet对Otu构建网络时,参数的设置问题

请问老师,在用Conet对Otu构建网络时,在percessing and filter过滤部分input filter---method--row minicc中输入的数字的含义是什么,这个数字的大小根据什么确定呢?

在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算方法的选择。比如我只想保留pearson,spearman系数>0.8的边构建网络,如何进行设置呢,看教程好像是采用Pearson、Spearman、BC以及KLD4方法组合,但并没有进行其大小的设置,这个设置了选择范围与后面的网络阈值的设置是否有矛盾。

在Automatic threshold setting,设置网络阈值,选择edgeNumber 和Top and bottom,并填写对应的数值,这个数值如何确定呢,比如有800个otu,那这个数值一般设定的范围是多少。

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1 个回答

Daitoue

1、参数写错了,input filter---method--row minocc  视频已经解释了它的意思了(注意听),大小根据样品数确定(以及严格标准确定,不超过样品数)

2、可以设置阈值的(见图片圈中区域),和后期设置不矛盾,这里是把符合相关性计算的结果提取出来 构建网络而已,而后期设置阈值edgeNumber Top and bottom等,是从整个构建的网络中,按照数量来抽取最优的一个(子)网络,是从原构建的大网络中获取最紧密的结果。 范围依据分析结果实际和有效性、以及目的确定,和最初的OTU数量关系不大,如果想获取大网络,数据大一点,相对网络的可靠性小一点,反之 网络小,数据小,可靠性高一点。(设置的概念注意听课)

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  • qiull 提出于 2019-03-14 10:04

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