如何筛选阈值来作为潜在的成员来做第二次的hmm筛选

老师您好：

我选取的基因家族的hmm文件该基因qlen大概500多，然后我第一次hmm搜索只得到了35个片段，而其中又有很多是同一个基因的不同部分匹配到了 hmm模型的部分，都是很小的一分部，请问老师这样的话是否需要做构建该物种特异的hmm模型，如果想做的话，因为本身得到的数量较少，是不是该把所有匹配得到的片段都来构建还是只选每个基因选取第一个匹配得到的部分来做？谢谢老师

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分类：基因家族分析

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omicsgene - 生物信息 2019-04-02 17:40

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

要进行二次搜索，需要重新建立结构域hmm模型，建议选取可靠完整的结构域建立hmm模型。hmm搜索结果说明见：https://www.omicsclass.com/article/499

基因家族数量，建议看看相关文献；

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