我要鉴定的基因家族有三个PFAM号，是每个都需要利用HMMsearch鉴定然后取交集么？
应该是你要的基因家族对应的可能包含多个保守结构域吧？这个你需要阅读文献，确定这类家族包含的结构域必须有哪些，鉴定的时候确保能在序列上同时检测到这些结构域（HMMsearch)
