这个问题其实是老生常谈了，我们先说说理想状态吧：
将每个子代样品都单独提取DNA，然后根据DNA的浓度，按等物质的量均匀混合成一份DNA，这样来自每个子代样品的DNA信息量就是等量的了，这样当然是最佳处理方式。
可实际情况是，如果你要求测序公司这么提取，他们肯定是不干的，毕竟一个BSA没多少钱，光提取100个DNA要花费很多人力，一般公司的做法（也是90%以上在公司做BSA测序的实际操作方法）是让你自己从每个样品上取等量的组织下来，然后混成一管，然后测序公司提取一份DNA作为混池样品。
这么做虽然是不如单独提取再混合DNA，但是其影响完全是可以接受的。因为虽然先混合再提取的做法，导致来自每个样品的信息并不等量，但是只要你取样足够理想，这些样品在目标位点的基因型应该是一致的，这样的话，虽然来自每个样品的信息不等量，但是他们在目标位置的信息是一致的，主要影响的是背景噪音的组成，这样并不影响我们后期数据分析时找到目标位点。
所以我个人最终的建议是：如果你能自己在实验室单独提取再混合那最好，如果交给公司还是混合好组织再提取吧，因为你强行让公司给你单独提取，指不定会出什么意外呢。