不同的家族筛选条件不统一，所以不好给你回答，这里有文献讲解，你可以从中获得筛选条件：

文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

好吧  你们这个回答也太。。。。。

应该说细节上的衡量标准问题，有的时候简单的阈值去筛选，有的时候筛选出来了，针对序列又仔细抠了抠之类，如果对某一个基因家族保守序列足够了解，凭经验也许你也能删掉几个。这个真的需要看具体情况。

如果作者的method不够清楚，你可以考虑写邮件去请教。这样才能知道最准确具体的原分析步骤