理论上技术是可行的，但是通常会根据测序对象长度的不同，在测序建库的时候会选择不同的片段大小，测序读长也会有不同。一般来讲，如果要进行microRNA测序的话，通常将microRNA分离出来，单独进行测序可。mRNA测序，通常建库时选择300bp大小片段，采用150PE测序。而长链非编码RNA（lncRNA）存在正向转录和反向转录，所以常采用链特异性建库测序。
