输入文件可能有错，你把输入文件都截图我看看，才好分析原因；

1.输入文件路径检查是否正确，2,在命令前面加sudo试试；  

请使用我们提供的biolinux可以避免不必要的错误；

你好，make是为了编译软件，编译一次以后就可以继续使用了。但是你的下游分析这个地方还需要更清晰的截图才能分析问题出在哪，只能提醒你注意一些基本问题，比如gff和共线性分析结果的gene ID需要对照，以及注意ctl文件中的染色体名称与GFF相同，同为xx#格式等等。谢谢。