cds比对可以先蛋白比对，再转换成cds比对，就不会出现这种情况了：

批量比对计算参考这里：https://www.omicsclass.com/article/1939 课程已经更新了这个内容；https://bdtcd.xet.tech/s/1BAqPp

老师，我把我做的dup_gene_paired2.aln和转化为axt格式的dup_gene_paired2.axt以及

用phy格式的文件dup_gene_paired2.phy转化成的axt文件dup_gene_paired4.axt您看一下，我用这两个文件做kakas分析的时候，但是还是 系统提示 说是 not equal。
我在editplus上也检查过，这两个文件axt文件，明明是等长度的，不知道问题出在哪里了。

请问一下你们这种情况是怎么解决的啊，我是一次做一对基因啊？输出的phy格式转换成axt的，也是提示相同的问题？