新基因预测分析是将测序Reads比对至参考基因组，然后进行拼接，其中一些reads比对到基因间区并且能拼接出完整的开放阅读框，拼接出来的位于基因间区的这些基因即为新基因。预测得到的新基因再进行功能注释，因此注释结果与新基因的鉴定没有关系。
