三代转录组中，想找A蛋白的同源序列，blast比对到的序列有很多，这些同源序列就是这个蛋白家族的所有序列吗？
无参物种，三代转录组中，想找A蛋白的同源序列，blast比对到的序列有很多，这些同源序列就是这个蛋白家族的所有序列吗？还是再需要其他方式鉴定下？
最佳答案 2018-08-16 18:57
blast比对比较粗放，很多部分比对的结果也在里面，所以你要对比对结果进行筛选，筛选出比对较好的结果，可以认为是同源基因： (a) length of alignable sequence covers [75 % of longer gene, and (b) similarity of aligned regions [75 % (Gu et al. 2002).
但是鉴定蛋白家族还是用hmmsearch搜索比较好。
参考文献
Gu Z, Cavalcanti A, Chen FC, Bouman P, Li WH (2002) Extent of
gene duplication in the genomes of Drosophila, nematode, and
yeast. Mol Biol Evol 19:256–262
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