上面的代码，筛选出来了特定组织的样品barcode信息，存储在sample_download变量中，你需要重新获得query变量，添加barcode选项如下，然后才是是筛选后的结果，然后继续下载才是：
query <- GDCquery(project = project,
data.category = data_category,
data.type = data_type,
workflow.type = workflow_type,
barcode = sample_download,
legacy = legacy)
具体可参考：https://www.omicsclass.com/article/672
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