样品间的相关性反应了样品间的相似情况，即不同样品在表达水平的相似度。相关系数越接近1，样品间的相似度越高，样品间的差异基因越少。生物学重复内样品的相关系数大于生物学重复外样品的相关系数。
转录组测序通常要求设置3个生物学重复样本，如果出现某个样品与组内其它样本相关性不好的情况，可将该样本剔除，再进行差异分析。后期再通过生物学验证手段进行生物学验证，不影响文章发表。
