我在运行MCScanX时报错，以下是我的输入文件和报错截图

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GFF文件，由于我分析的物种只装配到了scaffold水平，第一列中我把前面scaffold单词删除了只留下了数字

这个是collinearity文件，相应的我把scaffold单词删除了只留下了数字

这个是family.ctl，我只写了我研究的基因所在的scaffold

这是MADS_box_family.txt

这个我输入命令和报错的截图

老师，我想问这种scaffold水平上的共线性分析，应该怎么改配置文件

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1 个回答

安生水 2019-10-08 09:30

擅长：perl,基因家族,linux,chip-seq

真要做的话也不需要吧scaffold去掉，带着就可以。