差异基因数量太多，通过GO富集分析筛选一部分，再进行蛋白互作，可行吗？

老师：

您好！

我的样本是加工过程不同时间点的样本转录组FPKM数据。

第一步、通过主成分分析选出10000个基因（共50000个），另外，通过STEM趋势分析得到两组显著差异的集合分别包含18000个基因和5000个基因。

第二步、分别对这3组基因集进行GO富集，筛选出层级大于7，P值小于0.5的富集基因，分别包含700（10000个），1200（18000个），176（5000个）

第三步，将700,1200,176分别进行蛋白互作，用mcode找到得分最高的子网络，进而找到核心基因。

请教老师，这样的筛选可行吗？

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-10-14 15:36

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

基因的筛选方法很多，自己如果有筛选思路也是可行的；

如果做蛋白互作建议使用WGCNA方法筛选并做分析，可参考文献：https://www.omicsclass.com/article/954 https://www.omicsclass.com/article/946 等等