如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做 - 组学大讲堂问答社区

3 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

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分类：基因家族分析

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-11-11 10:22

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

只要是ID列表就行，都可以使用的，程序主要读取文件第一列ID数据

除非是要截取结构域所在的位置，domain序列需要后续的位置信息。

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枫 提出于 2019-11-08 14:55