5 WGCNA表达基因

老师,您好,我用GEO数据库的表达矩阵做WGCNA分析,总共34个样,表达矩阵中有60000多个基因,基因太多,如何进行筛选?WGCNA是否有处理这样大量数据的方法?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可也把一些表达量低的基因,或者变化不大的基因提前删除掉;

谢谢老师,根据课程中的代码,可以过滤低表达量的基因,课程中是meanFPKM=0.5,但是我看了一下,表达矩阵里的基因貌似没有那么低的,所以也就没有过滤掉,是否可以加大值?多少比较合适?(已标准化),,至于变化不大的基因,想问下老师怎么删除?

大致的看了一下,低的也有3点多

可以根据实际需要情况设置阈值

同样遇到了数据过大的问题在这个画邻接值散点图时总是报错说内存不足,请问老师有何办法么或者建议

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