TCGA数据库下载数量不对

问题一：按课上老师教的筛选方法，网页上cases和file数量为何不一致（456和521），老师课上是一致的。

问题二：按老师的代码，样本总量不等于肿瘤+正常总和，为什么呢？

query <- GDCquery(project = "TCGA-COAD",data.category = "Transcriptome Profiling",data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - Counts",legacy = FALSE)

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分类：TCGA

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omicsgene - 生物信息 2019-11-19 15:06

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

case是癌症病人编号，有时候一个癌症病人取样时同时取了多个组织（例如原发癌组织，转移癌组织，血液对照等），后期做实验一个case 多个组织都可能有实验数据，因此会存在文件数多于case数的情况，属于正常。

jing 2019-11-19 16:38

还有第二个问题：老师课上讲的代码样本文件总数等于肿瘤+正常总和，我的为什么不是呢？如图，我下载文件数521，正常41，肿瘤478.

TCGA数据库下载数量不对

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