请教!基因结构分析出现这样的问题如何解决?

attachments-2020-01-mVWCj7QC5e15d01b32d92.jpg基因结构分析使用“perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果,之后手动筛选出来,却没有exon等,用GSDS也没有结构,请问这个是不是无法分析?谢谢!

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

我看你的命令行输入的是拟南芥的GFF文件,但是截图是其他物种的,请确保自己的文件里面的信息来自于同一物种的一套参考基因组;

不同物种基因ID不一样,染色体也不一样,程序肯定会报错的;

请先 登录 后评论