10 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？
最佳答案 2020-03-07 15:32
scaffold水平也是可以分析的，只是比较基因组部分分析不了，其他都可以分分析；
可以分析多个基因家族，或者相同的家族，不同的物种增加文章分析内容也不错：https://www.omicsclass.com/article/760
不同种类的家族特点不一样，有的家族比较保守，家族成员之间的序列相似度高，有的家族进化比较快，家族成员的序列差异大，都是正常的，你的家族里面成员序列差异大，建议可以用保守结构域序列做进化树。或者手动多删除一下GAP
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