5 三代全长转录组，转录本去冗余问题？
最佳答案 2018-09-14 08:27
1. 一般三代测序的数据，采用官方的isoseq 流程分析就可以了。该流程能将转录本进行一定的聚类和去冗余。
2. 当然，如果要对聚类出来的高质量转录本进行基因家族聚类（可以理解为多个转录本，来自同一个基因，
3. 如果是无参物种的话，可以采用Cogent 软件进行转录本的聚类。
4. 如果是基因组还不完整的物种，可以先将转录本比对到基因组上，比对上的转录本进行聚类， 没有比对上基因组的转录本，再进行单独的聚类，之后合并在一起
