代码“sampleTree = hclust(dist(datExpr0), method = "average")”中，dist()函数进行哪种聚类？为什么先dist再hclust？两种聚类有什么区别？

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1 个回答

鹅子 2018-09-04 11:04

1、dist()函数是计算距离矩阵的，并不是聚类，函数默认的参数计算的是欧式距离，具体见函数参数解释，查询代码: ?dist()

2、hclust()是聚类函数（层次聚类函数），method是聚类算法，可参考：https://www.omicsclass.com/article/218 此处的概念是基于欧式距离进行的平均层次聚类。

关于聚类算法的更多概念需要去越多相关的算法和理论文献。