5 想做蛋白组实验，请教下iTRAQ/TMT和label free的区别：
最佳答案 2018-09-05 08:51
1. iTRAQ/TMT是基于同一种技术原理的，后面就拿iTRAQ举例说明，iTRAQ即同位素标记相对和绝对定量，使用同位素对不同样品进行标记，然后将同一批样品一起上机进行检测，根据不同的同位素标记来区分各个样品中 不同蛋白的表达量。优势是：定量准确，数据重现性好，灵敏度高对样品要求量低，检测蛋白数量多。缺点是由于同位素标记最多只有10种，样品量大（不考虑生物学重复的实验点大于10个时）的时候需要在每次上机时加内参样品，增加了成本。样品量在不是特别多的情况下，iTRAQ/TMT是目前（18年9月）做蛋白定量的首选技术。
2. label free就是不加同位素标签，每个样品单独上机，只分析质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。由于它的技术原理所限，对仪器的稳定性、实验人员的操作等可能产生系统误差的因素要求极高，进而造成数据重现性较差。当然label free也有自己的优势，由于价格比较便宜，在临床实验时由于很多情况下都有十来个重复可以降低单个样品定量不准的风险，也就是说那种一测大几十个、上百个的时候还是可以选择的。还有一种情况，部分老师仅仅是想看看蛋白“有还是无”的，也是可以用label free的。
其实还有检测蛋白量更多，更准确的DIA技术，那个成本就更高了，所以目前iTRAQ\TMT是做蛋白定量方面，兼顾了准确性和成本的优秀选择。
