老师您好！我在分析鸡的基因家族的时候，发现鸡的基因ID、mRNA ID与蛋白ID之间都是没规律的。蛋白ID、基因ID、mTNA ID前面几个字母分别以P、G、T结尾，这个很容易解决。但后面的11位数字编码却毫无规律可谈，蛋白fa文件中，蛋白ID后面有“gene：”、“transcript：”的对应关系注释（图1）。cds的fa文件mRNA ID后也有gene的ID注释（图2）。gff文件中也可以看到，gene ID与mRNA ID不一致。所以这样就造成后续分析比较困难，比如分析到“去除重复的hmmer搜索的转录本ID”这一步就难进行下去。所以，请问老师，遇到这种问题怎么解决？

另外，我发现鸭的基因组也存在同样的问题。

图1 蛋白fa文件，蛋白ID后有geneID、mRNAID注释，但编码无规律。

图2 cds fa文件

图3 gff文件