筛选不到串联重复基因

老师您好！

我在做WRKY基因家族分析时，使用perl脚本KAKS_SHAIXUAN.pl筛选串联重复基因，找不到有序列符合教程中说的序列相似度75%以上，且比对到的长度大于长序列的75%长度，请问这合理吗？主要是第二个标准达不到要求，请问能否将第二个标准降低，比如50%长度，有没有什么金标准？

望老师回复，感谢万分！

祝好！

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2018-09-14 10:25

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

串联重复基因的筛选方法：

1.根据相似性筛选详情见：https://www.omicsclass.com/question/1 里面的参数不要降低，降低相似度结果不可靠而且没有依据。

2.还可以根据共线性原理分析得到串联重复基因：MCScanX

这部分分析内容在我们课程：《基因家族视频课程》讲解的很详细了；

再检查一下自己输入的文件是否正确，如果都正确还是找不到，说明你这个基因家族真的就没有串联重复基因。