我将序列ID的后缀t1或者p1全部都去掉，使基因ID，转录本ID和蛋白质序列ID都一致，且没有后缀，然后就可以了。
共线性分析之前提取的蛋白质序列为空。如何解决？
要通过allmRNAID.txt文件，从蛋白质序列文件中获取对应蛋白序列，使用命令perl ../script/get_fa_by_id.pl allmRNAID.txt ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.pep.all.fa pep.fa。结果所得文件内容为空。查看pep.all.fa文件，里面的蛋白质序列后缀是.p1，而非allmRNAID.txt中转录本序列的后缀.t1.
请教老师，这个时候，我该如何使它们的ID一致呢？将pep.all.fa中的“p1”全部替换成“t1”吗？
该物种的gff3.文件里，gene的ID没有后缀，mRNA和exon的后缀都是t1，而CDS的后缀是p1.如图1.
图1：gff3的数据
该物种的.pep.all-.fa文件里，蛋白序列ID的后缀是p1.如图2.
图2 pep.all.fa的数据