ATAC-seq 技术检测染色质开放区域，即T5酶可接近的 DNA 区域，将快速又敏感的表观遗传现象可视化。使用具有 50,000 个细胞的简单两步方案捕获开放的染色质位点。
转座子优先并入一般没有核小体（无核小体区域）或暴露 DNA 段的基因组区域。因此，基因组中某些基因座序列的富集表明该区域不存在核小体，处于 DNA 结合蛋白等核机器能进入的松散暴露状态，提供有关染色质区段转录活跃状态的信息。
ATAC-seq 实验的测序部分通常产生数百万次可以成功回帖到参考基因组的高通量测序reads。每条reads指向在实验期间发生的一次切割事件在基因组上的位置。然后对回帖到基因组上的reads进行计数，并创建具有碱基对分辨率的信号峰值（peak峰）。
在实验过程中 DNA 可接近的基因组区域（染色质开放区域）含有更多的测序reads（因为转座酶优先作用于这些位置）。这些开放位点区域可以进一步分为各种调节元件类型：启动子，增强子，绝缘子等。
通过进一步的信息整合，如峰与转录起始位点的距离，产生处于开放区域作用下的基因列表；或计算开放区域内的高倾向结合某种特定蛋白的碱基序列（motif），得到活跃基因的上游调控因子，提供全基因组转录因子发生的信息。
ATAC-seq技术可以进行样本之间差异的染色质开放位点的比较，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式，与样本基因表达谱紧密相连，从靶标基因的表观状态关联到表达水平，具有强大的数据挖掘作用。此外，通过关联基因组、外显子，染色质免疫共沉淀（组蛋白修饰或转录因子结合）测序信息，形成：表观调控-基因组-基因表达的完整调控链 。