我不知道你的鉴定思路和方法是什么，如果学我们的课程，一般是先搜索pfam结构域，找到之后，使用结构域进行hmmer搜索，然后对搜索到的结果进行数据库确认，剔除那些没有结构域的基因，同时，每个基因保留一个转录本ID。
具体的可以学习我们的基因家族分析课程：https://study.163.com/course/introduction/1209048893.htm?share=1&shareId=1031484705
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