老师您好!
我在使用HMM模型搜索目标蛋白时,遇到一点问题。我所做的植物是无花果,目前只有基因组序列文件,还没有蛋白序列、CDS序列文件。
实验室有转录组的数据,请问我是否可以基于转录组数据,来找目标基因呢?HMM模型可以对核酸序列做筛选吗?
谢谢老师!
hmmer一般搜索蛋白的结构域,你只要有蛋白序列就可以搜索使用;
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