> # 读取输入的参数

> expr_file <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/GDC/TCGA_OV_methylation.txt"

> clin_file <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/Clinical/GDC/TCGA_OV_clinical.txt"

> work_dir <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab"

> p_cutoff <- 0.05

> top_n_select <- 50

> # 工作目录如果不存在，则创建目录

> if( !file.exists(work_dir) ){

+   if( !dir.create(work_dir, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE) ){

+     stop(paste("dir.create failed: outdir=",work_dir,sep=""))

+   }

+ }

> # 设置工作目录（输出目录）

> setwd(work_dir)

> ############################################################

> # 1. 读取临床数据

> ############################################################

> # 注意: 分隔符，需要跟下载临床信息脚本中设置的一致

> datClin = read_delim(clin_file,delim="%",escape_double = FALSE, trim_ws = TRUE)

错误: '/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/Clinical/GDC/TCGA_OV_clinical.txt' does not exist.

> View(datClin)

Error in View : 找不到对象'datClin'

> 

ps:这个是我的电脑上保存的路径D:\Volumes\HUBGENE\TCGA\methylation\lab\Clinical\GDC\TCGA_OV\TCGA-OV\harmonized\Clinical

这个也是按照之前的脚本操作的，不知道咋回事。望老师解惑。谢谢老师。