首先，真核生物转录组测序测得是mRNA，也就是信使RNA，是根据真核生物成熟mRNA尾部polyA结构用磁珠富集出来的，在二代测序中需要先将mRNA随机打断，再测序，对于有参物种，会将测序得到的片段与参考基因组去比对得到变异信息或者基因表达量信息，对于无参需要先将测到的片段组装，得到一个叫做unigene库的片段集，然后以它为参考，再进行每个样品的测序片段回比，定量基因表达量。而对于三代测序，不存在打断过程，直接测得就是成熟的mRNA。