请问，如何用mVISTA或者别的软件来分析不同物种叶绿体基因组序列的差异性

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我现在只有一个叶绿体全基因组序列，想与同一科的已经发表叶绿体基因组的物种做对比分析，比如说序列差异分析，IR边界比较，进化分析等。这些应该如何做，尤其是软件的应用。

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2018-09-20 10:17

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

比较及共线性分析可以用一下MUMmer这个软件，专门做基因组比较的：http://mummer.sourceforge.net/

不同物种的叶绿体，可以拿一些叶绿体比较保守的基因做做进化树分析，参照：https://www.omicsclass.com/article/226 ， https://www.omicsclass.com/article/114

叶绿体基因组做的不多，不是很熟。