基因组重测序得到的SNP更广泛更全面，只要测序深度足够高，理论上是可以发现所有的SNP信息的；

但是转录组分析就不一定，因为转录组测得是基因转录出来得mRNA，所以如果你测转录组那个基因不表达，你就测不到这个基因，你就无法知道这个基因上是否有SNP，再有，基因间区，或者内含子区得SNP也没有。

理解了转录组测序原理，与基因组测序原理这个问题不难回答，推荐转录组，重测序分析课程：

  重测序数据自主分析、二代测序转录组数据自主分析、