de novo测序也叫作从头测序，不需要任何序列信息作参考，直接对某个物种基因进行测序，并利用生物信息学对其序列进行拼接组装注释等，一般对于基因组DNA而言，即物种的整个基因组；另外未被测序物种做转录组时也常被称为de novo测序，这个是针对该物种MRNA测序而言的；重测序是指被测序物种已经有过前面的de novo测序组装出的基因组序列信息了，并在个体或群体水平上进行变异信息分析，一般的重测序只作为一个开发变异的手段，开发出的变异信息再根据材料情况进行进一步分析，如，对于遗传群体的QTL定位，自然群体的GWAS等。