QTL-seq分析问题

attachments-2020-08-X4gTO5h75f29519f12f3b.png老师,您好。关于QTL-seq有些问题想请教下:(1)给出结果中95%和99%的置信区间具体是怎么计算的?(2)候选基因是在超出阈值线的区域吗?如果都没有超出,该如何解决,能否适当降低阈值,比如设90%置信区间,该怎么计算。(3)能否给出上面这个图的代码呢,大部分论文都是放的这种图,既然是重现文献课程。(4)BSA的欧式距离法有相关软件吗?谢谢回复~

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

(1)置信区间计算可参考源代码:https://www.omicsclass.com/article/1304

(2)没有超出阈值,可适当降低阈值,可能是由于关联性状没有主效位点;里面有个word文件关于结果说明的,你可以自己手动在结果文件中筛选:snp_index.tsv   

 (3)上图代码为R语言绘图,可以学习R语言自行绘制:输入文件 :sliding_window.tsv     相关课程:

R语言画图R语言快速入门与提高

(4) 欧式距离目前没有

请先 登录 后评论