老师，您好，之前向您请教：“当基因序列差异太大时，建议用保守结构域构建进化树。请问保守结构域该如何提取呢？”您回复：“可以适当删除些gap”。我的序列比较复杂，由于外群种序列与内类群差异比较大（外群种已经是内群物种亲缘关系最近的了，但由于分化时间久远，差异特别大，部分区域比对不上，如下图，最后2条是外群种序列），目前想找整个研究物种的保守区。我的数据集是转录组数据，首先结合busco和orthofinder找出了单拷贝直系同源基因，建树结果与ITS结果不同，然后我又在Pfam数据库中搜索了保守的结构域，用氨基酸建树，结果还是与ITS结果不同，请问在Pfam中搜索到的就已经是比较保守的吗，还有没有筛选更保守的方法呢？对于跨度比较大的类群，会考虑用保守结构域来构建系统发育关系，虽然我的外群是和内群关系最近的物种，但由于分化久远，差异比较大。谢谢您！