老师,您好,我的物种没有基因的染色体位置信息,用get_gene_weizhi.pl脚本提取的只是一些片段,不是染色体,然后script/tiquxulie.pl脚本运行后,得到的就是一列短曲线。请问老师我这个能画基因的顺式作用元件图吗,有什么其他方法没有,谢谢老师!

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

请将问题说明白,我这才好给你分析原因,因为每个人输入的文件都有差异,你不给我看,我这猜测怎么解决问题呢?


参考一下别人怎么 提交问题:https://www.omicsclass.com/question/242

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星哥

老师,是这样的,我的物种是川桑(Morus notabilis),没有收录在在Ensembl数据库,所以我是在川桑数据库下载的genome,gene,cds及protein。如下图attachments-2018-10-9abXBpaW5bb19883bd335.jpg

然后在NCBI上下载了川桑的GFF注释文件,如下图

attachments-2018-10-s8pO23AI5bb199623d909.jpg

老师,下图是我根据视频学习找到的基因IDattachments-2018-10-u6uNs9HY5bb19f9c81489.jpg然后运行perl脚本get_gene_weizhi,得到gene_weizhi.txt文件,如下图attachments-2018-10-hDD6MJX65bb19da16ff7b.jpg

老师,这儿我补充一点,川桑基因组数据库没有基因在哪条染色体上的信息,所以这里的结果就没有第二列出现基因ID的染色体位置,图中应该是基因在某个片段上的信息,我猜想不管是在染色体上还是在染色体片段上,应该都能找到上游1500位置的序列,所以我就接着往下走,运行Perl脚本tiquxulie,这里perl脚本后面跟的是genome,然后界面上就会出现如下信息attachments-2018-10-K4kDQe8r5bb1a154506e5.jpg

然后查看gene_weizhi.fa,得到如下结构,只有一列短的波浪线attachments-2018-10-p824XP8O5bb1a1ff7bab1.jpg

然后我又运行这个脚本,只是perl脚本后面跟的是morus_notabilis.gene.fa,然后出现提示信息attachments-2018-10-XFEXnZrm5bb1a39f8f5af.jpg

然后查看Ggene_weizhi.fa,跟上面一样的结果attachments-2018-10-kS2uWJMP5bb1a3fa6e176.jpg


老师,我这个是怎么回事儿呀,我又是初入这个领域,才学疏浅,望老师指导!

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  • 星哥 提出于 2018-09-29 21:02

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