我想要构建一个物种系统发育树。想使用busco分析获得单拷贝基因，进行后续分析。
大部分的物种busco分析完毕，2个物种直接卡死在Augustus分析阶段，使用htop查询，也没有augustus进程在运行。想询问老师们，是否有遇到这样的问题，如何解决。同时是否有其他的软件可以搜寻。
同时，我在查询教程和资料，有许多构建的方法是使用orthofinder，输入各物种的蛋白质序列进行分析。
但我分析的物种中，有部分物种在ncbi的基因组下载界面上并未提供protein文件或者注释文件进行下载，或者仅提供了线粒体蛋白质进行下载。
想问下，这种情况下，我是否可以在ncbi的proetin数据库搜索该物种并下载所有属于该物种的蛋白质，输入orthofinder进行分析。
