在基因家族分析的时候对GFF文件中mRNA与gene ID对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的问题，请问怎么解决

运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 BrapamRNA2geneID.txt

perl script/geneid2mRNAid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 Brapageneid2mRNAid.txt；该两条脚本在对其它基因组进行运行时没有问题

但是在运行该GFF文件时出现了如下问题，求老师们解答

第二条命令时也是如此，我在运行拟南芥等的就没有出现这样的问题，以下是该GFF文件内容及PEP文件内容截图

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2020-12-07 10:32

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的mRNA 缺少parent信息，也就是mRNA来自哪个gene？

你对照示例数据修改一些GFF文件：