perl script/domain_xulie.pl data/NB-ARC_AT_hmm_outa.txt data/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa data/NB-ARC_AT_domain.fa 1.2e-28

并且尝试了perl-bioperl 的安装，但是安装成功后并没有Bio：：SeqID 模块，求解决

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2020-12-11 09:59

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可以使用docker 中基因家族的镜像，里面软件都已经安装了的；

你只需要在自己的服务器中安装docker就可以；

视频课程：docker安装课程

docker pull omicsclass/gene-family:v1.0.1

磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶 2021-08-15 17:41

用conda安装bioperl之后不能运行该脚本，可以用#locate bioperl命令查找一下bioperl路径，复制路径添加到脚本前面，use引用模块之前，使用BEGIN {unshift @INC,"/home/fairy/myperl"};语句，使得@INC在编译期间就加上指定的查找目录，运行即可。参考：https://blog.csdn.net/weixin_34402408/article/details/86400575?utm_medium=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-2~default~BlogCommendFromMachineLearnPai2~default-1.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-2~default~BlogCommendFromMachineLearnPai2~default-1.control