老师您好!lumi包读取文件出错。Error in gregexpr("\t", dataLine1)[[1]] : 下标出界

老师您好!我购买了不同芯片平台数据处理的课题。但是之前读取安捷伦双色通道的时候,自己的数据读取不出(格式不对)。今天读illumina的文件,又读取不出。

课堂提供的代码和例子是没有问题的。下面分别是报错、例子的表头、自己的数据的表头。该如何解决?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的数据格式和例子的数据格式不一致,每个样本少了几列数据:表头应该具有这样的数据:columnNameGrepPattern = list(exprs='AVG_SIGNAL', se.exprs='BEAD_STD', detection='DETECTION', beadNum='Avg_NBEADS'),例如:


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如果没有的话,这个数据用不了;

我看了你这个数据,可以直接用里面的这列数据作为表达量 分析试一下;


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  • lkjhg_mm 提出于 2021-03-14 20:16

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