简化基因组测序技术，一般覆盖全基因组比例在1%~10%，基因组覆盖度小，开发变异少，易受酶切位点分布影响等，对于基因组复杂、多微效基因控制的数量性状等，简化测序发生漏检的几率较大；并且现在测序价格相对比较便宜，所以不建议使用简化基因组测序进行以上分析，当然对于无参物种或基因组特别大的物种，简化测序也是无奈的选择，具体项目具体分析吧。
