在基因家族分析的时候，利用GFF文件中geneID与mRNA的对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的错误，求指教

首先，好像是不是因为缺parent的缘故而造成的无效

GFF文件如下

我看之前的GFF文件其中有mRNA，想着是不是这个的原因，然后把transcript替换成mRNA，如下，还是出现以上错误。求老师帮忙看一下

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2021-04-22 14:25

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你看看你的GFF文件的这几行附近的：mRNA是否有parent 或者 ID 信息：如果没有可能导致这个报错

再有我们基因家族课程刚刚更新了，包括一些脚本进行修改升级避免不必要的bug；你可以重新下载一下：