关于细菌illumina测序数据demultiplex的问题

老师好，qiime cutadapt demux-paired把我原本有数万个的样品弄得只剩下了几千个。请问是哪出了问题？

可以看到，除了71这个样品之外，我其他三个样品只有几百到两千个count了。而我的样品应该是有几万个到十几万个count的，就像71一样的。

请问老师，这是为什么呢？

万分感谢您花宝贵时间来帮我解惑。

默认排序时间排序

2 个回答

柯儿呀 2021-06-01 02:48

这是测序公司给的fastq文件的一小部分

这是公司给的barcode

OTUID Read2RC Read3

Romeo839 TCTCGCGC CAGGACGT

Romeo840 TCTCGCGC GTACTGAC

Romeo841 AGCGATAG TAGATCGC

Romeo842 AGCGATAG CTCTCTAT

Romeo843 AGCGATAG TATCCTCT

Romeo844 AGCGATAG AGAGTAGA

Romeo845 AGCGATAG GTAAGGAG

Romeo846 AGCGATAG ACTGCATA

Romeo847 AGCGATAG AAGGAGTA

Romeo848 AGCGATAG CTAAGCCT

Romeo849 AGCGATAG TGAACCTT

Romeo850 AGCGATAG TGCTAAGT

这是我做的mapping file：

#SampleID BarcodeSequence LinkerPrimerSequence SampleType Description

71_16S_V4 CAGGACGT ACACTGACGACATGGTTCTACA COM_Soil Romeo839

72_16S_V4 AGAGTAGA ACACTGACGACATGGTTCTACA COM_Soil Romeo844

73_16S_V4 ACTGCATA ACACTGACGACATGGTTCTACA COM_Soil Romeo846

74_16S_V4 TGCTAAGT ACACTGACGACATGGTTCTACA COM_Soil Romeo850

omicsgene - 生物信息 2021-06-01 09:23

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

哪里测的数据，建议找公司拆分数据吧；